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種豬品質優劣取決於拍賣價，也連帶影響選拔指數及攸關小公豬的命運，劣種豬下場是進家畜市場屠宰成肉用豬，畜試所長王政騰18日公佈種公豬性能檢定選拔指數是日增重、飼料效率和背脂厚度，也就是好的種公豬要長得快、吃得少、肉多脂肪少。

王政騰表示，台灣性能檢定第一期是採用美國愛我華州立大學種豬檢定站的計算公式，直到2004年底因應種豬業的需求，統計2000至2003年出生的種公豬檢定合格的性狀值，已有一半的種公豬在五月齡前達110公斤重，日增重多超過一公斤，背脂厚度已變薄為1.1公分，而飼料效率最好者也有1.73，超過25%的公豬飼料效率在2.00以內。

我國進口飼料來養豬，已達加重飼料效率的計分時機，畜產試驗所黃鈺嘉博士於2004年9月修改公系品種與母系品種的性能檢定計算公式，加重飼料效率加權，並於2005年開始在新化及竹南種豬檢定站使用2005年版種豬性能檢定指數。

養豬系統不單是計算性能檢定公式的改變，供全國種豬遺傳評估使用，也結合了網際網路撰寫即時運算與各項動態統計程式，提供種豬基因檢測、基因定序與資料庫系統查詢及種豬拍賣的實況轉播。

台灣種豬國際化並期望再度出口的前提，已逐步加入外觀部位缺陷與精液品質等相關體型繁殖性狀選育，讓種公豬選拔指數同步選拔日增重、飼料效率、背脂厚度，外觀部位缺陷排除及產精性狀等五大項，培育優質的台灣種豬品系。